转化率和原料成本存在较大问题，目前还未进入产业化阶段

  即使距离商业化还有很远的距离，第三代生物燃料还是获得了资本的青睐。2011年，埃森克美孚公司宣布将投入3亿美元（约合人民币18.6亿元）用于生物燃料研发，这可能是迄今为止对生物燃料的最大一笔投入。该公司称，如果一切进展顺利，可能会再追加3亿美元投资。埃森克美孚投资的生物燃料研发正是藻类燃料。与埃森克美孚牵手合作的是美国合成基因公司。该公司由美国颇具传奇色彩的生物学家和创业家克雷格·文特创立。

 日趋严峻的世界粮食形势让以玉米、小麦等粮食作物作为生产原料的第一代生物燃料渐失优势，遵循不“与粮争地”，不“与人争粮”路线的第二代生物燃料，后来成为生物燃料产业的发展方向。第二代生物燃料以非粮作物乙醇、纤维素乙醇和生物柴油等为代表，原料主要使用非粮作物，秸秆、枯草、甘蔗渣、稻壳、木屑等废弃物。不过，第二代生物燃料在技术方面也遇到瓶颈，转化率和原料成本存在较大问题，目前还未进入产业化阶段。

  第三代生物燃料是指从海藻中提取油脂。海藻的生长不占用土地和淡水这两大资源，只要有阳光和海水就能生长，甚至在废水和污水中也能生长。生长速度以天计，从生长到产油只需要两周左右，而多数能源作物需要几个月。它的产油量也非常可观，一亩大豆一年下来约产油300公斤，而一亩海藻至少能产油2至3吨。

  不过，第三代生物燃料现在还停留在实验室阶段，要进入商业化生产，比第二代生物燃料还要遥远。要想让藻类制取的生物燃料成为畅销产品，依旧需要解决许多问题。首先是藻类品种的选择。藻类有数千种，选到正确的种类至关重要。其次，藻类生长的速度极快，必须控制好种植的数量，如果太多，阳光就会不够，造成大批死亡，而如果太少则达不到所需要的数量。即使成功收获藻类，还面临着如何把油提取出来的难题。